scRNAtoolVis 尝试一下?

1引言

基于前面两篇推文 单细胞绘图数据提取个性化绘图 和 左下角自定义箭头坐标轴 (批量添加和美化), 群里有小伙伴建议我写成 package 的形式,确实代码多了每次得运行一下写的 function 才能后续操作,麻烦了一点。于是尝试写了一个简单的包,大家下载直接用会方便很多。

githup 地址:

https://github.com/junjunlab/scRNAtoolVis

2安装

install.packages('devtools')
devtools::install_github('junjunlab/scRNAtoolVis')

library(scRNAtoolVis)

3测试

加载测试数据:

test <- system.file("extdata", "seuratTest.RDS", package = "scRNAtoolVis")
tmp <- readRDS(test)

按 seurat metadata 里的分类变量进行分面,当然画在一起也是可以的:

# facet by metadata column "orig.ident"
clusterCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  noSplit = F,groupFacet = 'orig.ident',
                  relLength = 0.5)

noSplit = T 指定不分面:

# umap
clusterCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  noSplit = T)

axes = 'one' 保留一个左下角坐标:

# retain only one axes
clusterCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  noSplit = F,groupFacet = 'orig.ident',
                  relLength = 0.5,
                  axes = 'one')

tSNE 降维可视化:

# tsne
clusterCornerAxes(object = tmp,reduction = 'tsne',
                  noSplit = F,groupFacet = 'orig.ident',
                  relLength = 0.5)

FeatureCornerAxes 展示基因的表达量:

# tsne
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'tsne',
                  groupFacet = 'orig.ident',
                  relLength = 0.5,relDist = 0.2,
                  features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"))

更多参数见参考文档哦。

4结尾

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githup 上面也有使用说明。

 往期回顾 

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